商标局不予备案的决定是基于《商标使用许可合同备案办法》第11条的规定，根据案件中许可使用期限超过陔注册商标有效期的事实作出的。
    商标使用许可合同有下列情形之—的，商标局不予备案：
    (1)许可人不是被许可商标的注册人的；
    (2)许可使用的商标与注册商标不一致的；
    (3)许可使用商标的注册证号与其所提供商标注册证号不符的；
    (4)许可使用的期限超过该注册商标的有效期的；
    (5)许可使用的商品超出了该注册商标核定适用的商品范围的；
    (6)商标使用许可合同缺少法律规定的内容的； 
    (7)备案申请缺少法律规定的书件的；
    (8)未缴纳商标使用许可合同备案费的；
    (9)备案申请中的外文书件未附中文译文的； 
    (10)其他不予备案的情形。
    本案中，甲厂与乙厂在商标使用许可合同中约定使用期限为十年(如果许可有效，使用期限为1999年7月5日起至2009年 7月4日止)，超过了甲厂注册商标的有效期(1995年6月28日起至2005年6月27日止)，商标局不予备案的行为符合法律的规定。 
     
     [法律依据] 《商标使用许可合同备案办法》第11条。